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马恩岛猫没有尾巴的原因主要是由于基因突变。这种突变发生在形成脊柱的基因中，标记为“M”的基因会导致尾骨和骶骨椎骨（尾巴前面的脊椎区域）发育异常。

所有的马恩岛猫都有一个突变基因和一个正常基因，造成突变的基因是显性的，这意味着，无尾这个性状很容易传给下一代。